Il principale fondo manoscritto della Biblioteca Forteguerriana, formatosi tra il XVIII ed il XIX secolo, ha accolto codici, filze e carteggi provenienti dalla biblioteca dell'umanista Sozomeno, dalle acquisizioni del bibliotecario Anton Maria Rosati, dal Comune di Pistoia, dalle donazioni Canini e Franchini Taviani, dalla raccolta di Sebastiano Ciampi, dalla Libreria Puccini e dai Conventi soppressi.
La raccolta di ser Zomino di ser Bonifacio, detto Sozomeno, donata nel 1458 all'Opera di San Iacopo allo scopo di fondare in Pistoia una biblioteca pubblica, era ricca in origine di 110 volumi e di tre carte geografiche; tuttavia, quando nel 1730 poté finalmente essere ospitata in locali idonei all'interno della Biblioteca Forteguerriana, aveva già  subito amplissime perdite. Attualmente soltanto 33 dei 110 manoscritti lasciati da Sozomeno vi si conservano.
Il fondo, tra la fine del XVIII ed il primo decennio del XIX secolo, si accrebbe grazie alle acquisizioni del bibliotecario Anton Maria Rosati (1732-1810), lettore di diritto civile e canonico nel collegio della Sapienza. A partire dal secolo XIX hanno inizio le donazioni più cospicue che accrescono sensibilmente il patrimonio della biblioteca. Nel 1830 Francesco Canini dona alla biblioteca 99 manoscritti, per la gran parte di storia pistoiese ora conservati alle lettere B e C. Al bibliofilo Canini si deve anche il recupero di alcuni volumi appartenuti alla dispersa biblioteca di Bernardino Vitoni. A questa segue nel 1839 la donazione della famiglia Franchini Taviani e, nel 1847, insieme ai libri a stampa e alle carte, si aggregarono alla Forteguerriana i manoscritti appartenuti a Niccolò Puccini.
Nei primi decenni del XIX secolo giunsero in Biblioteca anche altri manoscritti posseduti dal Comune di Pistoia, quali ad esempio gli statuti e le raccolte di atti criminali. A seguito delle soppressioni delle corporazioni religiose del 1866, confluiscono nella biblioteca 9455 volumi a stampa e 55 codici prevenienti dal convento di Giaccherino, ordinati sotto la lettera D.
Tutte le accessioni giunte a vario titolo in Forteguerriana fino agli ultimi anni del XIX secolo furono accolte nel Fondo Forteguerriano e tra queste la carte di Sebastiano Ciampi.
Attualmente nel fondo sono raccolti 398 manoscritti, un centinaio dei quali medievali, ordinati per lettera e numero, dalla lettera A alla lettera F.

"Inventario dei manoscritti della Biblioteca Forteguerri di Pistoia" a cura di E. Gori e A. Zanelli (versione PDF, 559 KB)
"Aggiunte e correzioni agli inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia. Vol. 1 Biblioteca Forteguerriana, Pistoia" a cura di Giancarlo Savino (versione PDF, 1,1 Mb)

Per approfondire:
Catalogo dei manoscritti della Biblioteca Forteguerri, compilato da Vittorio Capponi, 1873
Catalogo manoscritto ordinato alfabeticamente, con note dettagliate spogli e rinvii, del Fondo Forteguerriano pressoché nella sua attuale consistenza
Catalogo delle lettere, compilato da Vittorio Capponi, 1873
Catalogo alfabetico manoscritto dei mittenti di lettere del Fondo Forteguerriano
"Inventario dei manoscritti della Biblioteca Forteguerri di Pistoia" a cura di E. Gori e A. Zanelli, Forlì, Bordandini, 1891, estr. da:  "Inventari dei mss della Biblioteche d'Italia. V. 1"
"Giunte all'Inventario dei manoscritti della Biblioteca del R. Liceo Forteguerri" di Guglielmo Volpi, in Bullettino storico pistoiese, a. 4 (1902), fasc. 1 e a. 5 (1903), fasc. 1
"Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia. Aggiunte e correzioni al vol. 1, Biblioteca Forteguerriana, Pistoia" a cura di Giancarlo Savino, Firenze, Olschki, 1962