La Società Pistoiese di Storia Patria è stata fondata nel settembre del 1898 da trentotto persone, dalla diversa formazione culturale, unite dalla passione per la storia della propria città. Quel sodalizio, che molto doveva ai legami con le istituzioni universitarie della Toscana postunitaria, ebbe i principali punti di riferimento nelle esperienze di studio e di ricerca di due storici del diritto del calibro di Luigi Chiappelli e di Lodovico Zdekauer.
Nel 1899 usciva il primo numero del periodico ufficiale della Società , il «Bullettino Storico Pistoiese ». Sin dall'esposizione programmatica con la quale si apriva il primo fascicolo della rivista si dichiarava esplicitamente la necessità metodologica di pubblicare e di rileggere criticamente la ricca documentazione archivistica cittadina. Una dichiarata volontà di privilegiare il rapporto con le fonti - una costante nella storia più che secolare della Società - che si collegava idealmente al riordino dell'archivio comunale commissionato nel 1899 ad Alfredo Chiti.
Come si esprimeva Alessandro Chiappelli, nel primo rendiconto morale ai soci del 29 ottobre 1899, tutto ruotava intorno al «culto riverente dei monumenti e delle memorie cittadine ». A partire da quel riordino e dallo straordinario clima di amicizia e di unità di intenti che animò quei padri fondatori uscirono le prime importanti ricerche dei fratelli Chiappelli, di Lodovico Zdekauer, di Quinto Santoli, di Silvio Adrasto Barbi, di Alfredo Chiti.
Le intuizioni di Alessandro Chiappelli divennero vero e proprio manifesto programmatico nel 1902 quando lo Zdekauer, nell'accettare la carica di presidente della Società , dichiarava prioritaria la necessità di lanciare un piano per la pubblicazione di un «codice diplomatico pistoiese », comprendente tutte le pergamene fino all'anno 1296.
Con la naturale evoluzione delle metodologie di ricerca e delle tematiche storiografiche la Società non ha mancato di rivolgere l'attenzione ai problemi dell'archeologia, della toponomastica, della storia materiale e della storia culturale sempre con una prioritaria attenzione per la cura filologica e critica nei confronti delle fonti documentarie.
E' proprio con l'intento di perseguire con coerenza gli stimoli e le innovazioni della ricerca scientifica che la Società Pistoiese di Storia Patria si è posta l'obiettivo di rispondere adeguatamente anche alla sfida lanciata dalle nuove possibilità della comunicazione telematica e degli straordinari strumenti messi a disposizione dai mezzi digitali.
La collaborazione pluriennale tra la Società Pistoiese di Storia Patria e la Biblioteca Forteguerriana ha permesso la realizzazione di convegni, incontri e conferenza. Nel 2013 è stato avviato anche un corso di Paleografia latina.